据台湾《康健》杂志报道，咖啡因一直被认为是引起骨质疏松症的危险因子之一。曾有报告指出，咖啡因会增加尿液中钙质排出。不过从流行病学资料来看，发现20～50岁的年轻女性适量摄取咖啡因（大约每天摄取咖啡因400毫克以内）和骨质流失及骨折并无相关。
但是50岁以上、停经后的女性则需要更小心饮用咖啡，半数以上研究显示，咖啡因摄取量和50岁以上女性的骨质密度有关系。
女性一天喝多少杯咖啡才容易造成骨质疏松症？由比较近期的一个3170人参与，平均年龄50～84岁女性的研究指出，如果每天饮用超过两单位的咖啡因饮料（一单位等于一杯咖啡或两杯茶），臀部骨折的危险性增加69％。
因此建议50岁以上女性最好减少咖啡因摄取，若真想喝咖啡，一天不宜超过2杯。
有人喝了咖啡觉得胃肠不舒服，主要是受咖啡因影响。这是因为咖啡因刺激了食道下端的括约肌，使它比较松弛，进而引起胃食道逆流，或者咖啡因引起大量胃酸分泌，造成不适。因此，患消化道疾病的人，例如胃溃疡、十二指肠溃疡，或是每次喝咖啡就大量冒出胃酸的人，还是避开咖啡吧。
